Selama masa pemerintahan Sultan Salim III (1789-1807), Mustafa IV dianggap menguntungkan. Namun saat pemberontakan merebak di masa Salim III, Mustafa IV membangkang dan mendukung pasukan Yanissari yang menjatuhkan sultan tua, dan membuatnya sebagai penguasai baru. Namun simpati buat Salim III terus berlangsung.
Pada 1808 sebuah pasukan di bawah Mustafa Bayrakdar berangkat ke Islambul untuk mengembalikan Salim III ke tahta. Sebagai tanggapannya, Mustafa IV memerintahkan untuk mengeksekusi Salim III sebagaimana saudaranya yang lain, Mahmud.
Ini akan membuat Musthafa IV pria satu-satunya yang tersisa di garis warisan dan ia berharap dapat memadamkan pemberontakan dengan menyingkirkan calon resmi tahta lainnya.
Salim III dibunuh, namun Mustafa IV dijatuhkan lagi dan digantikan oleh Mahmud II, yang telah menghindari eksekusi dengan bersembunyi. Mustafa IV gagal mematahkan blokade Rusia atas Dardanalle dan kemudian dihukum mati di tahun itu.
Sumber: Sejarah Para Khalifah karya Hepi Andi Bastoni
